公元一六四三年，满清入关取缔政权，为求控制大局，严禁士子结社集会，不许百姓练武，到处搜捕武林高手，反抗者格杀勿论，令天下大乱。
隐居天山山脉一带的剑术高手傅青主、张煌言、武元英往寻天山名宿晦明禅师商议拯救中原。晦明禅师得知天下黎民受清軍铁蹄蹂躏
，遂派杨云骢、辛龙子、楚昭南及穆郎，四徒，连同三侠，七剑下天山！
七剑侠下山会合民间庞大组织的正义力量“天地会”，四处和清兵对抗。一次因行踪败露，七剑被迫分道扬镳，各自执行任务，并相约一年后中秋在钱塘江畔七剑重叙。
七剑之一杨云骢在大漠巧遇草原女英雄飞红巾。二人并肩抗击清兵，暗生情愫。但杨云骢在一次激战受伤，为敌方将军之女纳兰明慧所救。明慧的温雅多情，使杨另投爱河。心高气傲的飞红巾因妒成恨，和杨云骢关系分裂。其间，七剑中的楚昭南因利变节，挾持人质叛投敌营。杨潜入清营营救人质。也会见了明慧，明慧正因亲王多铎来说亲，父命难违，两个相爱的人是注定不能在一起了，含泪惜別，缱绻缠绵。
数月后，杨云骢正进行任务中，获知纳兰明慧与多铎在江南杭州大婚。大婚前夕，杨云骢潜入将军府，期望明慧和他出走，但明慧不能负累家族，杨一气之下由她手中抢走女儿，赶赴钱塘江畔之约。中秋月圆，江潮澎湃，但七剑各遭不幸，前来赴约的仅有小师弟穆郎一人。而穆郎亦被“天地會”女舵主刘郁芳误会叛敌，含冤莫白，正要投江自尽，卻目睹杨云骢遭多铎追杀，杨临终时将女儿托付给穆郎带上天山学艺。天山七剑从此在江湖上隐沒......
十八年后，“天山神芒”凌未风〔即穆郎〕得晦明禅师真传，名震江湖。他當年带上山的女婴易兰珠，学成天山剑法，立志杀多铎以报父仇。而七剑剩余几剑亦已成为“天地会”领袖。
五台山，群雄聚会，“天地会”获悉康熙皇帝将前来五台山清凉寺礼佛，他们精心部署刺杀计划，被半途杀出的易兰珠，坏了大事。“天地会”青年骨干张华昭负伤被擒。与此同时，傅青主的徒弟冒浣莲无意中发现一桩惊人秘密，原来五台山老和尚竟是失踪多年的老皇帝顺治。康熙为保皇位，暗杀亲父。冒浣蓮莲等以此秘密要挟康熙，放群雄下山。
易兰珠因自已鲁莽而误大事，心怀歉疚，独往京城营救张华昭。
凌未风因易兰珠事件，重会十八年前的恋人刘郁芳，和韩志邦共上京城。旅途之中，适逢清廷卫士抢劫西藏佛门圣物“舍利子”，凌未风仗义制止，力败不肖师兄楚昭南，自己亦被大內卫士暗器烧伤。刘郁芳对凌未风关怀倍至，一解当年误会。韩志邦本暗恋刘郁芳，见此情景，黯然神伤，自行离去。
在云南境內，凌未风、劉郁芳，会合傅青主与冒浣莲，加上来自昆明的少年桂仲明形成五剑。桂武功奇高，卻因自以为杀死生父而神经错乱，由傅青主指点冒浣莲以爱心和耐心将他治愈，两人成为爱侣。
易兰珠久無消息。桂仲明、冒浣莲奉命进京探讯。其间，满族大才子纳兰容若对冒浣莲一往情深。几经周折，热恋张华昭的三格格，为情牺牲自己，终于使张华昭、易兰珠双双脫险。在生死共患难的遭际之中，张华昭与易兰珠永结同心。
其时多铎承旨出征，临行之前多铎与纳兰明慧辞別途中，被易兰珠刺杀身亡。然而易兰珠亦被擒而打入天牢。纳兰明慧无计救女，绝望自尽。凌未风大闹天牢亦功败垂成。后得飞红巾相助，这才把易兰珠救出。
刘郁芳、傅青主等人潜入回疆，群雄聚会，几厉生死。凌未风在恶门之际，突发痉挛症，被楚昭南所擒。楚昭南为迫使凌未风交出晦明禅师遺下的拳经剑谱，将凌未风关押到西藏布达拉宮之中，百般折磨。凌未风越狱不成，自度将死，便设法带出血书一封，向刘郁芳承认自己便是那“死去”多年的少年穆郎。見刘郁芳悲痛欲绝，韩志邦铤而走险，化妆入宮，说动活佛将已丧失功力的凌未风带出，自己则假扮凌未风模样，留在迷宮之中。后被楚昭南发现，韩志邦不敌身死。傅青主、刘郁芳等率众杀入迷宮，楚昭南终于在易兰珠的剑逼下无奈自杀。
天山七剑终于重整旗鼓，由飞红巾、傅青主、桂仲明、冒浣莲、易兰珠、张华昭、刘郁芳組成的新七剑，再度计划刺杀康熙皇帝。但当即将得手之际，卻为纳兰容若劝阻，并用“天下为重”道理解释康熙乃胸怀大志的年青皇帝，他继承皇位后，曾为定祸乱有过杀戮，但在太平時期德政连连，立功不少，刺杀了他，将使天下重新陷入混乱，胜王败寇，将来做皇帝的人也未必好过康熙。七剑侠觉得纳兰容若言之有理，要他好好襄助康熙施仁政，如康熙与天下百姓为敌，七剑侠将会为民请命，一定不会放过康熙！
此后“天山七剑”便以天山为家，光大天山剑派，并经常下山仗义行俠……
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